ズートピア警察署の新人警官ジュディは、自分をぞんざいに扱う署長ボゴによるクビの宣告を顧みず、ニックと共に大規模行方不明事件の.捜査を行う。事件は解決したかのように見えたが、思わぬ方向へ進み、ニックとも険悪になってしまう。責任を感じたジュディは自ら職を辞して故郷へ帰るが、帰省先で真の元凶を知る。再びズートピアへ戻ってきたジュディはニックに自らの過ちを詫び、捜査を再開する。ところが、真の証拠を警察署へ持っていく道中、なぜかベルウェザー市長が現れる。

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