Anno 2167 d.C.: la Terra viene devastata da una potente onda d’urto elettromagnetica causata dall’esplosione e conseguente trasformazione in supernova della stella Hydrus Beta, distante 20 anni luce dal pianeta muoiono 3 dei 14 miliardi di persone. 189 anni dopo, nell’anno 2356 d.C., la società umana è stata ricostruita e si è unita per fronteggiare efficacemente l’arrivo della Second Wave, una seconda onda d’urto proveniente dalla supernova che, al contrario della prima, contiene una gran quantità di materia in grado di causare danni irreparabili.
Sei stazioni spaziali chiamate Foundation sono state costruite e spedite nello spazio per riuscire a fronteggiare più efficacemente la minaccia incombente. Oltre a svolgere le loro funzioni di monitoraggio, questi giganteschi complessi accettano ogni anno studenti provenienti dalla Terra che desiderano diventare piloti spaziali e combattere per il proprio pianeta. È sulla Foundation Stellvia che si svolge la storia di Katase Shima, una ragazzina quindicenne che, stregata dalle stelle, decide di iscriversi all’accademia e vivere un’avventura che cambierà per sempre la sua vita e quella di tutti intorno a lei.
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