荒廃したニューヨーク、タイムズスクウェア。空に開いた黒い穴から姿を現したのは、なんとフリーザ。強大な力を持つ別世界から現れた強敵と、彼らと共闘する者たち「ヴェノムズ」によって、世界は破壊と混乱に呑み込まれる――。
世界の危機に立ち向かうジャンプヒーローたちの組織「Jフォース」。そのリーダーを務める長官「グラバー」に導かれ、プレイヤー自身も「Jフォース」の一員となってヒーローと共に脅威に立ち向かう。
「ヴェノムズ」を束ねる謎の男「カイン」と彼に寄り添う謎の美女「ガレナ」、セルや黒ひげなどジャンプ世界の強敵たちが凶悪な力で立ちはだかる。彼らの目的とは一体…?
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